Segunda temporada

La segunda temporada consta de 22 episodios y 
es continuación directa del final de la primera 
temporada. Comienza ocho horas después de la 
fuga de prisión y se centra principalmente en la 
supervivencia de los fugitivos. Un nuevo 
personaje importante se introduce esta 
temporada: el agente del FBI, Alexander 
Mahone, a quien se le asigna el trabajo de 
capturar a los ocho de Fox River. Los fugitivos 
recorren todo el país para no ser encontrados 
por la policía. Cada uno tiene sus metas 
individuales, sin embargo, varios coinciden en 
Utah, donde hay 5 millones de dólares 
enterrados (Dinero que Charles Westmoreland o 
"D.B. Cooper", enterró antes de ser capturado). 
El argumento secundario de esta temporada es 
el interés de La Compañía por localizar y 
eliminar a Lincoln Burrows y a los demás 
fugitivos.